يكنى أبا الحسن و أبا الحسين و كان الحسن(عليه السلام) في حياة رسول الله(صلى الله عليه وآله) يدعوه أبا الحسين و الحسين(عليه السلام) يدعوه أبا الحسن و يدعوان رسول الله(صلى الله عليه وآله) أباهما فلما توفي النبي(صلى الله عليه وآله) دعوا عليا(عليه السلام) أباهما.
و كان يكنى أيضا بابي تراب كناه به رسول الله(صلى الله عليه وآله)، ففي الاستيعاب بسنده (قيل لسهل بن سعد: أن أمير المدينة يريد أن يبعث إليك لتسب عليا على المنبر، قال: كيف أقول؟ قال: تقول أبا تراب، فقال: و الله ما سماه بذلك إلا رسول الله(صلى الله عليه وآله)، قال: و كيف ذلك يا أبا العباس؟ قال: دخل على فاطمة(عليه السلام) ثم خرج من عندها فاضطجع في صحن المسجد فدخل رسول الله(صلى الله عليه وآله) على فاطمة(عليه السلام) فقال: أين ابن عمك؟ قالت: هو ذاك مضطجع في المسجد، فوجده قد سقط رداؤه عن ظهره و خلص التراب إلى ظهره، فجعل يمسح التراب عن ظهره و يقول: اجلس أبا تراب فو الله ما سماه به إلا رسول الله(صلى الله عليه وآله)، و الله ما كان اسم احب إليه منه)، وفي الفصول المهمة لابن الصباغ (لقبه المرتضى و حيدر و أمير المؤمنين و الأنزع البطين و الأصلع والوصي، و كان يعرف بذلك عند أوليائه و أعدائه، خرج شاب من بني ضُبة معلم يوم الجمل من عسكر عائشة و هو يقول:
نحن بني ضبة أعـداء عـلى | ذاك الذي يعرف قدما بالوصي |
و فارس الخيل على عهد النبي | ما أنا عن فضل علي بالعمي) |
و كان يلقب يعسوب المؤمنين و يعسوب الدين يروى أن النبي(صلى الله عليه وآله) قال له أنت يعسوب الدين و المال يعسوب الظلمة و في رواية هذا يعسوب المؤمنين و قائد الغر المحجلين روى هاتين الروايتين ابن حنبل في مسنده و أبو نعيم في حلية الأولياء، و في تاج العروس اليعسوب ذكر النحل و أميرها و في حديث علي(عليه السلام) أنا يعسوب المؤمنين و المال يعسوب الكفار، أي يلوذ بي المؤمنون و يلوذ الكفار بالمال كما يلوذ النحل بيعسوبها و هو مقدمها وسيدها.