تزوج (ع) زوجات عديده (ع) واولدهن الكثير من الأولاد ، وكان (ع) اكثر الأئمة ذرية ، حتى أختلف في عدد أولاده ، والمشهور انهم كانوا سبعة وثلاثين ولداً ، منهم ثمانية عشر ذكوراً ، وتسع عشرة إناث . لكن المتحصل عليه من المصادر المختلفة هم ما يلي :
أولهم واعلاهم قدراً وأفضلهم وأنبههم وآعلمهم ، واجمعهم فضلاً ، وصي أبيه وخليفته من بعده ، أعني الإمام الثاني علي بن موسى الرضى (ع) ، ومنهم إبراهيم ، والعباس ، والقاسم ، وإسماعيل وجعفر ، وهارون ، وجعفرالأصغر ، واحمد ، ومحمد ، وحمزة ، وعبيدالله ، وإسحاق ، وعبدالله ، وزيد ، والحسن ، والفضل ، وسليمان ، وعبد الرحمن ، وعقيل ، ويحيى ، وداود ، والحسين .
أما البنات فهن فاطمة الكبرى ، وفاطمة الصغرى ، وكلثم ، وام جعفر ، ولبابة ، وزينب ، وخديجة ، وعليَّه ، ورقيه ، وحكيمه ، وآمنة ، وحسنة ، ووجيهة ، ونزيهه ، وعائشه ، وأم سلمة ، وميمونة ، وام كلثوم ، وام فروة ، وأم أبيها ، وام القاسم ، وام وحيّه ، وأسماء ، وأُمامة ، وام عبدالله ، ومحمودة ، وزينب ، الصغرى ، ورقية الصغرى ، وغيرهن
وقد كان لكل واحد من ولده (ع) فضل ومنقبه ، ولكن الإمام الرضى (ع) هو المقدم عليهم من جميع جهات الفضل والعلم والتقى ، وكان إبراهيم رجلاً كريماً شجاعاً ، وقد تقلد الأمرة على اليمن في أيام المأمون من قبل محمد بن زيد بن علي السجاد الذي خرج بالسيف ثائراً على العباسيين ، وكان مقره الكوفه في العراق إلى ان فتح المأمون الكوفة فأعطى الأمان محمد بن زيد . وكان محمد بن الإمام موسى (ع) من أهل الفضل والصلاح وصاحب عبادة وصلاة .